Através do painel de controle do seu servidor, na aba "Gerenciador de Arquivos" que estará no menu lateral direito do seu painel de controle como pode ver no print a seguir.
Após isso, é necessário apagar o seu arquivo correspondente na pasta "/*jogo/addons/sourcemod/plugins" (*jogo deve ser o jogo do seu servidor. Ex. csgo, css, tf2)
Os arquivos de plugins terminam com a extensão ".smx"